En el segundo aniversario de la Revolución de Mayo, Manuel Belgrano festejó en Jujuy haciendo jurar a la bandera a su tropa el 25 de mayo de 1812. La mandó a izar en el Cabildo, bendecida por su amigo el doctor Juan Ignacio de Gorriti, el vicario foráneo de Jujuy.
El primero de agosto, el general Pío Tristán emprendió su marcha desde Suipacha hasta Jujuy y Salta, enviado por el jefe realista José Manuel de Goyeneche y acompañado de un ejército con el doble de soldados que el de los patriotas. Tres días después, Belgrano ocasionó el memorable Éxodo Jujeño al exigir que se abandone la ciudad por la amenaza de las fuerzas enemigas. El 24 se enfrentaron en San Salvador de Jujuy el ejército de Tristán con la retaguardia patriota, y cinco días después llegaron al Pasaje los patriotas.
En Río Piedras, los realistas alcanzaron al ejército y Belgrano se alzó victorioso en el combate del 3 de septiembre, marchando luego a Tucumán, donde el pueblo se encontraba en armas.
El 24 de septiembre, seguido de cerca por Tristán, triunfó en la Batalla de Tucumán tras ponerse en manos de la Virgen de la Merced. Tras la victoria, la nombró generala del Ejército Argentino, y su imagen se encuentra hoy en la Iglesia de La Merced en San Miguel de Tucumán.
En la noche del 25 el ejército de Tristán se retiró a Salta, dejando a su camino prisioneros, muertos, cañones, banderas y más. El triunfo hizo que el país cantara “Tucumán, cuna de la libertad y sepulcro de la tiranía”.
Las batallas de Tucumán y Salta son consideradas los dos grandes triunfos en las horas iniciales, siendo Tucumán la batalla providencial de la historia argentina, haciendo realidad a la gesta jamás vencida; mientras que Salta afianzó definitivamente la soberanía, siendo ambos frutos de la brillante desobediencia de Belgrano.
El ejército marchó hacia el Norte a principios de 1813, y el 13 de febrero juró fidelidad a la Asamblea General Constituyente de las Provincias Unidas del Río de la Plata con insistencia de Belgrano. Con sesiones inauguradas apenas el 31 de enero en Buenos Aires, Belgrano logró su cometido pintando el sello de la Asamblea en una bandera blanca.
Esa tarde reanudó la marcha del ejército, tras besar el escudo de la nueva divisa creado por Belgrano, creando una cruz con el asta de la bandera y su sable en el actual río Juramento. Pío Tristán esperó en Salta a Manuel Belgrano, con unas tropas de casi cuatro mil hombres. Los patriotas intentan atacar por el Este, pero conducidos por José Apolinario Saravia, uno de los mejores asesores del general Belgrano, se aventuraron por el Norte para aislar a Tristán de sus bases.
La Batalla de Salta finalizó con la derrota de Tristán el 20 de febrero de 1813. En el momento que Belgrano proponía el asalto final, el general realista pidió la capitulación. Los muertos de ambos bandos se enterraron en una fosa común, bajo una gigantesca cruz de madera que hoy en día se puede visitar en la Iglesia de La Merced, Salta.
La actitud de Belgrano fue duramente criticada y no fue aprobada por el gobierno, a lo que Belgrano, herido, se desahogó entre sus más cercanos: “Siempre se divierten los que están lejos de las balas y no ven la sangre de sus hermanos ni oyen los clamores de los infelices heridos. Yo me río de ellos y hago lo que me dicta la razón, la justicia y la prudencia, y no busco glorias sino la unión de los americanos y la prosperidad de la Patria”.
También fue duramente criticado por su respuesta al emisario de Tristán, declarando que tanto dolor le producía ver sangre americana derramada que, si el general ordenaba el cese inmediato en todos los puntos de sus tropas, así también lo haría él. El vencedor, además, garantizó la libertad a sus enemigos, con la única promesa de no volver a levantarse en armas contra las Provincias Unidas.
Los vencedores de la lucha fueron premiados por la Soberana Asamblea General Constituyente con un escudo de oro, plata y antaño para jefes, suboficiales y soldados respectivamente. Las palmas y laureles de las insignias sostenían la inscripción “La Patria a los vencedores en Salta”. Entre los receptores de los escudos estaban Luis Borja Díaz, los Lea y Plaza, Ruiz de los Llanos, los Saravia, los Fernández Cornejo, Gorriti, Punch, Tedín, los López, los Calletanos, Alvarado, Arenales y Arias de Navamuel.
Durante algunos días, Manuel Belgrano fue gobernador interino de Salta hasta que arribó Feliciano Antonio de Chiclana el 13 de marzo. El 8 de marzo, además, la Soberana Asamblea decretó que el general recibiera un sable con guarniciones de oro, con la inscripción “La Asamblea Constituyente al Benemérito General Belgrano” en la hoja, así como también $ 40.000 señalados en valor de fincas del Estado.
Manuel Belgrano, símbolo de la grandeza, el civismo, el desprecio absoluto por las riquezas materiales, y el amor por la educación, destinó la suma de dinero a la creación de cuatro escuelas públicas para que se enseñara a escribir y leer aritmética, la doctrina cristiana, la gramática castellana y los derechos y obligaciones del hombre en sociedad.
Entre otros actos de desprendimiento del general Belgrano, también se remarca cuando renunció a su sueldo de $3.000 como vocal del Primer Gobierno Patrio en 1810. Como jefe del Regimiento Patricios pudo renunciar a la mitad de su sueldo, recibiendo lo mismo que un soldado.
Las escuelas se crearon en Jujuy, Tarija, Tucumán y Santiago del Estero, lugares que no tenían establecimientos de esas características. Seguían el orden y método del reglamento redactado por Belgrano, un visionario que estableció las bases para la educación en el país para toda la población.